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El grupo de Ecología Pesquera desarrolla sus actividades en la línea de Enfoque de ecosistemas a la gestión de  recursos marinos vivos .

El objetivo general del grupo es generar conocimiento y desarrollar los instrumentos necesarios para la puesta en práctica del enfoque de ecosistema en la gestión de recursos marinos vivos. En esta línea, el grupo de Ecología Pesquera pretende no sólo colaborar con la gestión y conservación de dichos recursos y su ecosistema, sino también dar respuesta a las demandas socioeconómicas de los sectores productivos dependientes del medio marino. En el cumplimiento de este objetivo es relevante la participación de miembros del equipo en organismos científicos asesores de la gestión pesquera, como NAFO o ICES.

Encuadrado en este escenario, el grupo desarrolla su trabajo sobre las pesquerías de diversas especies explotadas, objetivo tanto de la pesca industrial, artesanal como recreativa. Los proyectos de investigación en los que se trabaja incluyen tanto el análisis de la dinámica de poblaciones, como el estudio de parámetros biológicos esenciales, interacciones críticas, las relaciones entre especies y el uso del hábitat, siempre encaminado a mejorar el conocimiento de la ecología de las poblaciones y los mecanismos que determinan las fluctuaciones en su abundancia, con especial énfasis en el estudio del reclutamiento, del potencial reproductivo y el impacto de las diferentes medidas de gestión pesquera sobre los mismos.

Debido a la situación de sobre explotación general de los recursos y al cambio en las estrategias de gestión pesquera, el grupo también orienta sus esfuerzos al desarrollo de nuevas herramientas de evaluación y gestión que considere la resiliencia de las poblaciones y el uso de indicadores ecosistémicos, en particular orientadas a recursos con datos limitados.

Como apoyo a estas líneas de investigación, el grupo cuenta con un laboratorio de histología dónde se procesan muestras para los estudios de biología reproductiva, un laboratorio de análisis de imagen en el que se han desarrollado diversos protocolos para la estimación de parámetros reproductivos, equipamiento para la determinación de la edad mediante lectura e interpretación de anillos de crecimiento en otolitos, y un laboratorio para análisis bioenergéticos.

El grupo desarrolla su actividad en un marco plenamente internacional con colaboraciones habituales con otros países, fruto de las cuales se han realizado numerosos proyectos y varias acciones de cooperación internacional para el desarrollo .